テンプレートを使用しないで、topページにダイレクトにホームページやECサイトを表示させることが可能です。
フッターの横メニュー左端の「ホーム」を別のメニューに変更すると、そのメニューがアプリのTOP画面になります。ウェブビュー機能のページでECサイトを設定している場合、そのウェブビューページメニューを「ホーム」に配置さそれば、アプリはTOPページにecサイトが表示されるecアプリになります。
注意する点は、ハイブリッドアプリではホームページと同じと言う理由でアプリとしての価値がないということでiosの審査に合格できないです。審査に合格できるデザインとコンテンツで制作し、ストア申請して審査に合格したら、コントロールパネルからハイブリッドアプリにメニュー変更すれば、大丈夫です。